En el reino de Earlshide, Merlin Wolford alguna vez fue considerado un héroe nacional, aclamado tanto por su poder como por sus logros. Sin embargo, prefiriendo una vida tranquila, se recluye en lo profundo de los bosques rurales, dedicando su tiempo a criar a un huérfano que salvó. Este huérfano es Shin, un asalariado normal en el Japón moderno que se reencarnó en el mundo de Merlín mientras aún conserva sus recuerdos pasados. A medida que pasan los años, Shin muestra un talento sin igual tanto en el lanzamiento de magia como en las artes marciales, para asombro constante de Merlín. Sin embargo, en su cumpleaños número 15, se hace evidente que Shin solo desarrolló sus habilidades de combate y nada más, dejándolo con una flagrante torpeza social, falta de sentido común y un sentido medio de la responsabilidad. Como resultado, Shin se inscribe en la Academia Mágica del reino para perfeccionar sus habilidades y madurar entre otros adolescentes. Sin embargo, vivir una vida normal es imposible, ya que se establece como una celebridad local casi tan pronto como llega. Kenja no Mago sigue la vida en la escuela secundaria de Shin Wolford en la capital mientras hace nuevos amigos, aprende sobre el mundo y lucha contra las diversas fuerzas del mal que lo rodean a él y a su ciudad.