Ayumu Aikawa es un estudiante de secundaria de 16 años que es trágicamente asesinado mientras investigaba una casa sospechosa. Sin embargo, pronto se despierta junto a una extraña chica con armadura llamada Eucliwood Hellscythe. ¡Ella se revela como una nigromante que ha revivido a Ayumu, convirtiéndolo en un zombi! Ahora inmortal, Ayumu se dispone a cazar a su asesino. Un día, mientras busca en un cementerio, se encuentra con una joven bulliciosa llamada Haruna, que está luchando contra un oso con una motosierra mientras está vestida como una chica mágica. Después de que ella mata a la bestia, Haruna intenta borrar los recuerdos que Ayumu tiene de ella, pero él absorbe su magia para sí mismo. Despojada de sus poderes, Haruna ahora le ordena a Ayumu que asuma su papel de cazar extrañas criaturas conocidas como "Megalo", monstruos que deambulan por el mundo humano y aterrorizan a la población. Kore wa Zombie Desu ka? sigue las travesuras diarias del humano convertido en zombi Ayumu mientras comienza su nueva y ridícula vida donde lo sobrenatural se convierte en la norma.