Ubicada en las afueras de Tokio, Hachimitsu Private Academy es un prestigioso internado para niñas, famoso por su educación de alta calidad y estudiantes disciplinados. Sin embargo, todo esto está a punto de cambiar debido a la revisión de la política más icónica de la escuela, ya que ahora los niños también pueden inscribirse. Al comienzo del primer semestre bajo este nuevo decreto, solo cinco niños han sido aceptados, dividiendo efectivamente el alumnado en una proporción de doscientas niñas por un niño. Kiyoshi, Gakuto, Shingo, Andre y Jo son descartados rápidamente sin tener la oportunidad de causar una primera impresión. Incapaces de comunicarse con sus compañeras de estudios, los ansiosos muchachos se fijaron en una tarea mucho más peligrosa: ¡espiar en el baño de las niñas! Es solo después de que su plan es completamente diezmado por el infame Consejo Estudiantil Subterráneo que el variopinto grupo descubre que su libertad les es arrebatada abruptamente, ya que son arrojados a la prisión de la escuela con la sentencia de un mes entero como castigo. Así comienza la historia de las duras vidas de los niños en Prison School, una lucha justa que finalmente pondrá a prueba los lazos de amistad y hermandad pervertida.