Grisaia no Rakuen comienza justo al final de la entrega anterior, Grisaia no Meikyuu. Kazami Yuuji es arrestado bajo sospecha de terrorismo. Un video que muestra pruebas aparentemente concretas de que Yuuji cometió estos actos, y Ichigaya lo mantiene bajo custodia. Ichigaya sabe muy bien que Yuuji no cometió los crímenes de los que ha sido acusado. Pero no logró asesinar a Heath Oslo, quien es el líder de la organización terrorista con un arma extremadamente devastadora en su poder. De hecho, Ichigaya tiene sus propios planes para Yuuji... Pero puede que no todo esté perdido para Yuuji. Las chicas de la Academia Mihama no están dispuestas a permitir que Yuuji sea utilizado para obtener ganancias políticas, y tampoco la nueva y misteriosa figura que aparece ante ellas.